辛亥革命爆发后，马君武以广西代表身份赴南京，参与起草临时政府组织大纲，旋即任南京临时政府实业部次长。
其时，革命党人将袁世凯视为可以争取的势力，黄兴、孙中山先后致电袁世凯，提出保证说:若袁世凯能逼清帝退位，赞成共和，中华民国大总统“以功以能，首推袁氏”。1912年2月15日，南京政府正式推举袁世凯为临时大总统，同时提出三项条件:首都必须定在南京；袁世凯必须来南京宣誓就职；必须遵守《中华民国临时约法》。
但是，心怀叵测的袁世凯久久不来南京就职，南京政府只好特派蔡元培、宋教仁等人为专使，北上迎袁世凯南下就职。
马君武
2月27日，蔡元培、宋教仁一行抵达北京，袁世凯一面以极其隆重的礼节迎接，一面采用段芝贵的计谋，唆使曹锟第三镇军队发动兵变。29日晚，北京城突然枪声大作，火光烛天，蔡元培等人仓皇避入东交民巷六国饭店。袁世凯就势电告南京，要平息兵变，必须坐镇北京。专使回到南京，向临时政府成员报告北上情况，提议取消袁世凯南下的要求，准许其在北京就职。与会者听取报告后，都主张由陆军总长黄兴统兵北上，仍以迎袁世凯为名，趁机扫荡北洋军阀及封建专制余毒。
这时，蔡元培持重不语，宋教仁则说:统兵北上，并非儿戏，津浦路上我方兵力只能到达徐州，直鲁两省均为北洋重兵驻守，我方若出兵，北洋岂肯轻易放过？势必引起战争。宋教仁的话还未说定，马君武就大声呵斥道:“你为袁世凯作说客，出卖南京！”照着宋教仁的脸上就是一拳，宋教仁的左眼顿时受伤出血。
孙中山立即呵斥马君武:
“你太粗莽，须向教仁赔礼。”马君武听命，上前要与宋教仁握手道歉。宋教仁说:“我眼痛，不好伸手。”孙中山又说:“此事关系重大，改日再商议。”于是大家相继退出总统府。
黄兴送宋教仁回公馆，一再安慰他。宋教仁说:“马君武粗暴，我知道，但说我出卖南京，岂有此理！”黄兴说:“君武有口无心，孙先生教他认错，当面赔礼，革命党人说了算了，不必计较。”
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